Die Finanzierung von kommunalen Partnerschaften gehört zu den freiwilligen Selbstverwaltungsaufgaben der Kommunen. Die Städte, Gemeinden und Landkreise in Deutschland sind daher bestrebt, für Projekte und Austauschmaßnahmen Fördermittel zu akquirieren. Sowohl die Europäische Union als auch der Bund fördern Partnerschaften zwischen europäischen Kommunen – allerdings auf sehr unterschiedliche Art und Weise.
Die Europäische Union fördert vor allem Projekte, die innovativ sind und einen Mehrwert für die gesamte Union haben, über verschiedene EU-Programme und -Instrumente. Darunter gibt es zwei Programme, die für die kommunale Partnerschaftsarbeit von besonderem Interesse sind:
Der Bund fördert ebenfalls europäische Austauschprojekte und Maßnahmen, die im Rahmen von kommunalen Partnerschaften durchgeführt werden. Der Schwerpunkt liegt dabei auf der Förderung des Jugendaustausches. Zu den vom Bund mitfinanzierten Jugendwerken, Koordinationsstellen und Stiftungen gehören:
Zudem wollen Deutschland und Israel ein gemeinsames Jugendwerk gründen. Dies haben die beiden Staaten im Rahmen der Deutsch-Israelischen Regierungskonsultationen am 4. Oktober 2018 in Jerusalem vereinbart.
Ein besonders Programm für Partnerschaften von Kommunen in Deutschland und Frankreich bildet der Deutsch-Französische Freiwilligendienst der Gebietskörperschaften, der im Rahmen des französischen Bundesfreiwilligendienstes (Service Civique) mit Unterstützung des Deutsch-Französischen Jugendwerks (DFJW) stattfindet und von der Französische Sektion des Rates der Gemeinden und Regionen koordiniert wird. Der Deutsch-Französische Freiwilligendienst der Gebietskörperschaften richtet sich explizit an deutsch-französische Partnerkommunen, die jungen Menschen zwischen 18 und 25 Jahren ein freiwilliges Jahr in der Verwaltung der Partnerkommune ermöglichen wollen.